由设在南直隶淮安府的漕运总督管理，这个职位的全称是“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，也就是说漕府不仅管理长达三千余里的运河，而且还有权管理运河沿线的地方事务。
漕运总督下面还有理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑、主事等文官，又有运军编制，下辖参将、统领等武官，文武官员加一起约有两三百号人。编制最为庞大的时期，漕运下属的卫军竟有十二万人之多。当然这中间是有多少用来骗朝廷预算的空头名额，那可就不太能统计出实情了。
但即便是在明末崇祯年间，漕府下辖的仓储、造船、卫漕兵丁等在编人员，仍有几万人之多。如果再加上运河沿岸靠着漕运体系为生的民众，那么这个数字恐怕还得翻上好几番。
如此庞大的机构，一旦停下运转，那么可能就会影响到几十万人的生计，进而引发社会动荡。而且北方地区仍需从通过漕运从南方输入物资，所以
而海汉想要对原有体系取而代之，显然也不是派几名官员过去接管，换个衙门招牌就能起到效果。所以海汉在接管江浙之后，也暂时还没对漕运体系采取行动，依然是让其保留着以前的编制，照常维持运转。
但也正因为如此，海汉的态度大概给某些人造成了误解，认为海汉因为种种忌惮而无法完全掌控漕运体系，那么大可借着这段非常时期动一些手脚，谋取私利，或是给海汉制造一些麻烦。
曹崑在去年下半年一次北上押运粮食的任务中发现，苏州至淮安的运河上存在着许多问题。
其中最主要的问题，便是途中的克扣和折损计算。以损耗之名在漕运过程中捞取油水，这并不是什么新鲜事，但以前有漕府衙门专人盯着，一般不会做得太夸张，各个环节把自己该收的一份好处收了也就罢了，运到北方至少还有八成以上。
但如今运粮船还没过淮安，漕粮就已经以损耗的名义被偷偷刨掉了三成左右。据曹崑所说，他在半夜见到当地卫军有组织地登船卸粮，并且被警告不许对外声张。
如果是以前出现这样的状况，那承运者肯定要担责，弄不好还得像曹崑父亲那样赔偿损失，但如今在背后组织这种行动的主使者为了不让事情败露，已经找到了更好的借口，便是将这黑锅推到海汉头上。
运抵北方的货物数量不足，是因为途中被海汉查扣
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