但是朱载坖认为安南刚刚统一，没有这个胆量和本事和大明作对，广西的瑶族土司在隆庆初年也已经被镇压过了，所以朱载坖托大的认为，这些土司绝不敢和朝廷作对，事实证明朱载坖低估了安南搞事情的能力，也低估了这帮土司的能量，殷正茂当时的担忧不幸言中了。
朱载坖坚决支持殷正茂，将这次误判的责任揽到了自己的头上，朱载坖命令公布殷正茂之前的密疏，同时向朝廷内外坦陈自己的错误，是朱载坖要求殷正茂执行改土归流的，两广土司的叛乱是由于朱载坖的判断失误，而不是殷正茂，朱载坖命令殷正茂继续供职，讨平叛逆，对于仍旧弹劾殷正茂的言官，朱载坖予以重处。
同时下达诏令：“今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背！”要求殷正茂督兵进剿，严厉镇压广西的叛乱，绝不宽纵，对于安南，朱载坖认为也要给他们长长记性了，要不然安南不知天朝之威矣，朱载坖传檄安东都护府大都护王锡爵，从倭国招募武士，由大明官军运载到安南去，放手让这些浪人去干活，这些当年的倭寇是些什么货色，大明是很清楚，用他们去祸害安南，朱载坖没有半点心理负担。
既可以将倭国这些不安定因素予以消除，又可以沉重打击安南，免得他们吃饱了干涉广西。朱载坖命令殷正茂优先将广东的叛乱平定下来，保证广东港口的安定，然后在调集兵力进剿广西，不必急于一时，要将广西的这些土司一网打尽，方便朝廷推行改土归流。
朱载坖在上谕中说道：“殷正茂素有才略，朕所知之，其督率将领司道等官，悉力驱剿，务期荡灭，其地方机宜，悉听破格整理，敢有梗挠者，奏闻重治。”
朱载坖对于殷正茂表达了坚决支持的态度，安定了朝廷，同时也敢于坦然承认自己的决策失误，对于那些实干派官员来说是一个好事，朱载坖没有像一些皇帝一样，推诿失策，明明是皇帝的决策失误，但是往往推给臣子，这些广西的叛乱，朱载坖就明确承认，是自己对于广西估计不足，导致了广西的瑶乱，这使得很多地方封疆大吏反而对于朱载坖更加信服。
他们最害怕的就是皇帝的推诿，明明是按照皇帝的决策行事，但是一旦出了岔子，皇帝就这些问题都推给臣子们，甚至对这些臣子们加以惩治，这样一样，哪个还敢贯彻皇帝的意
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