在朱载坖的严令之下，不管是厂卫还是三法司都加快了处理案件的处理速度，而且三法司也开始根据这些官员们所揭发的材料拿捕相应的官员和商人的代理人，这些豪商们一般都是通过在京师的掌柜等向这些官员们行贿的，所以拿捕这些代理人也是一个很重要的事情，他们不可能只向一个官员行贿的，通过他们可以掌握更多官员受贿的线索。
除此之外，还要迅速填补这些官员们所产生的官缺，朱载坖也命令吏部尚书王国光要迅速考选官员，填补空缺，同时通过邸抄的形式向大明全国通报这些官员们的供述和朝廷的处理决定，朱载坖特旨，对于第一批主动自首并且有坚决揭发的官员，经过查证属实的，予以宽大处理，情节轻微的，予以降级、外调，情节重的，予以罢官等处理，即便是情节特别严重的，也不论死，罪只遣戍，对于这些官员予以宽大处理。
而对于一些拒不交代，甚至希望蒙蔽朝廷的，予以加重处理，达到论死标准的，一律予以腰斩，抄没家产，妻子俱发极边卫所充军，遇赦不赦，朱载坖就是要通过这种行为，向这些官员们传递一个明确的信息，就是再想抱着所谓同党，来对抗朝廷，是绝不可能的，不将事情交代清楚，朱载坖就要让他们身败名裂，家破人亡，只有这样才能够对这些人予以震慑。
不光如此，朱载坖还命令对于一些重要衙门予以从上到下的清理整顿，保证这些衙门的干净，其中朱载坖最关心的就是海关总署衙门，朱载坖命令提督海关总署曾省吾对于海关总署衙门予以整顿，同时任命蔡国熙、沈炼加右都御史衔，分别对于各海关分司和市舶司予以巡察，将其中和商贾勾结，使得朝廷关税流失的官吏揪出来予以严惩，都察院审计署也要派出相关官吏配合巡视。
同时各驻地的锦衣千户所也要予以配合，对于相关衙门的信息，要及时向朝廷予以反应，在朱载坖的命令之下，对于这些豪商和官员们相勾结的事情，朝廷予以严厉打击，尤其是对于豪商行贿，朱载坖严旨要求三法司予以严厉处罚，尤其是对于其家产的抄没，责成地方官府和锦衣亲军负责，不准有遗漏等。
其实现在朝廷上下也看清楚的，朱载坖要打击的，绝对不仅仅是这些官员们，或者说这些反对开征工商赋税的官员们远远不是朱载坖所要打击的主要对象，朱载坖
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