对于朱载坖的这个安排，太子还是有些意见的，按照朱载坖的这个计划，经略西域兵部尚书的实权太重，不仅仅是负责大明经略的西域的事务，同时还要兼任安西都护府大都护，现在大明的都护职权是很重的，都护府文武皆备，是辖区的最高军政长官，此前大明只设立了安东都护府，负责管理倭国、朝鲜、琉球等大明的属国以及在这些国家驻扎的大明官军。
但是按照之前朱载坖对于都护府的定义，都护府并非是管理大明疆域的行政机构，都护府的主要职责是管理大明的藩属国，而经略的职权主要是针对的大明的疆土之内的，而且经略的主要任务就是用兵，所以朱载坖的这个任命其实是很不符合常规的。
安西都护府是唐朝在西域的最高政治军事机构其为维护唐朝在西域的主权，都护府有着强大的军事实力，其安西都护府有镇兵二万四千人，其于北庭都护府瀚海军管镇兵万二千人，天山军管镇兵五千人，伊吾军镇兵三千人，共同构成了唐朝对西域的强大军事存在。但是前唐的都护和大明的都护显然在职权上有很大的区别，前唐的都护更类似于大明的边镇。
而朱载坖将西域经略和安西都护合并，并且将陕甘总督也置于其下辖，几乎控制了大明在西北的兵防、民政等一切事务，其权力不可谓不重，对于朱载坖的这个安排，朱翊釴有些不解。
朱载坖也向朱翊釴解释了此事，首先，经略西域，必须要由强大的后勤支持，而对于西域来说，陕甘和宁夏的粮食显然是极为重要的，所以朱载坖要将陕甘总督和陕甘提督置于西域经略的管理之下，就是为了保障收复西域的行动能够顺利进行。
而设立安西都护和将安西都护与西域经略有一人兼任，看似和朱载坖之前对于都护的定义相违背，但是实则有朱载坖自己的谋算在其中的，西域是大明的故土，自然是要收复的，朱载坖的看法官军要收复整个天山南北南到乌斯藏，北到唐努乌梁海的广大地域，但是更西边呢？
以大明现在的国力，确实是很难将这些地方政府并且加以管理，但是大明也不可能将这些更加西边的效果予以放弃，如果大明放弃的话，其他人就会进来的，他们作为大明西域的屏障，是非常重要的，同时要将沙俄的实力阻挡在西域之外，就要利用好这些西域效果，阿古柏的事情不能够在重演了，所以
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