，但是从实践的效果来说，对于南直隶的析分没有对于对于湖广的拆分效果那么好，原因也是很多方面的。
首先一个重要的原因就是应天府和南六部的掣肘，其实对于凤阳巡抚来说，还是能够正常履职的，朝廷设立凤阳巡抚之后，对于江北的这些州府的管理还是得以加强，主要是苏松巡抚的问题，首先就是虽然朝廷规定应天巡抚负责管理应天府，但是在实际的操作中，苏松巡抚是很难管理应天府的，因为应天府毕竟是大明留都，就和直隶总督照例不干涉顺天府的事情是一样的，这其实是大明的一众潜规则。
这点朱载坖其实是很清楚的，但是苏松巡抚最大的问题就是受到南六部的掣肘，原本按照朝廷的行政管理体制，苏松巡抚的上级是南直总督，而南直总督则是对督师南京大学士负责，但是这里面有一个很尴尬的问题，就是督师南京大学士和南京六部并没有直接的隶属关系，南京六部虽然权力不大，但是对于南直隶辖区内的一些钱粮、刑名等事务还是有一定的权力的。
还有就是南京兵部，作为朝廷配置在留都的兵防机关，南京兵部和南京中军都督府等衙门构成了南直隶兵防的指挥机关，在这点上，督师南京大学士虽然作为朝廷钦差，以大学士之尊督师南京，对于南方诸省的兵防、钱粮事务统管，但是在南直隶兵防的问题上，南京兵部和南京中军都督府的权力显然是更重的。
同时苏松等地的钱谷、刑名事务也非常之繁杂，苏松巡抚既要对于总督、督师负责，同时南六部也经常插手苏松的事务，主要是南京户部和南京兵部，他们在职责上确实是可以干预苏松巡抚的行政。
南京户部最重要的职责就是负责征收南直隶及附近浙江、江西、湖广各省的赋税，除一部分留作自支外，另一部分则输送京师。可以说，南京户部掌握了全国的财赋命脉，可见它在全国经济运营中的重要作用。南京户部的另一重要职责是管理和收藏全国黄册。所谓黄册，即赋役黄册，记载天下人口的户籍、里甲、赋役等情况，册面黄纸，因此称为黄册。黄册每十年更定一次，并收藏于南京后湖，由南京户部保管和统计。
而南京兵部则负责南直隶的兵防，南京兵部最重要的职权是军事职权，主要负责南京及附近地区的兵防守备。南京兵部的行政职权，指的是会同南京中军都督府
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