对于这两个衙门，朱载坖也在和阁部重臣们甚至于科道、地方官员商量此事，吏部、户部、兵部、刑部都是属于分工和职责比较明确的专门衙署，但是礼部和工部所承担的职能就非常之繁杂了。以礼部为例，主要负责礼仪、外交、学政等相关事宜，还负责管理太常寺、鸿胪寺、四夷馆等相关的官署，所涉及的范围是非常之广泛的。
对于礼部和工部，朱载坖认为确实是应该要予以拆分，成立各种专门的官署对于这些衙门予以管理，这点是非常之重要的，朱载坖这次对于官制的改革主要目的就是为了因事设官，加强朝廷对于各种事务的管理，这是朱载坖希望达到的目的，这就必须要对大明的部院体制进行大规模的调整，以保证在朱载坖之后朝廷对于地方仍旧有足够的控制力，这点是非常之重要的。
所以改革部院体制是非常重要的，而这次朝廷所进行的官制改革，就是要打破原本的六部体制，其实大明的臣子们现在已经是很清楚原本的六部是无法处理朝廷这么的多事务，这点是非常之重要的，所以这次朱载坖推动的改革阻力并不大，虽然有一些官员仍旧认为祖制不能够轻易动摇，但是这次的改革已经是大势所趋了。
对于礼部的改革主要是以强化专业职能作为主要的抓手的，礼部原本的职能是礼仪、外交和学政，由于之前大明对于外交实际上是非常之不重视的，而且礼仪之前在大明相对受到重视，这并不是朱载坖所需要的礼部衙门，朱载坖认为礼仪、外交两者事务还是比较相近，仍旧留在礼部本衙当中，将礼部变更为主管礼仪外交的部门，而将负责学政的相关事务从礼部拿出来，成立单独的一个部门，专门管理教育事务。
但是在具体的办法上，朱载坖和重臣们想法是不一样的，朱载坖认为要打破六部体制，但是重臣们对于打破六部还是心存疑虑的，毕竟之前的改革所单独设立的部门一般都是总署和院、监等衙门，也就是仍旧维持了六部的体制，但是朱载坖这次要单独成立一部来管理教育事务，这就会打破六部体制，这使得一些重臣还是有顾虑的。
朱载坖认为不破不立，六部现在无法适应大明的管理，应该改就要改，尤其是文教这么重要的事务，朱载坖肯定是要重视的，朱载坖决定在原来学政总署的基础上成立学部，专门负责教育、考试等事务，
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