对于朱载坖的这个决定，重臣们其实是支持的，大明这次不但要让这些反抗大明的人付出代价，同时还要加强对于倭国的控制，这点是非常之重要的，严惩倭国不仅仅是为了加强对于倭国的控制，也是意在震慑这些藩属，让他们明白，大明的宗主国地位绝不容挑衅。
朱载坖命令内阁立即督促翰林院，草拟诏书，用印之后明发，军机处相机调度官军，务必要维护倭国的稳定，同时朱载坖还召见礼部、兵部等相关衙门的堂官，与内阁一并商量在革除倭国王号之后的处理办法，按照大明的规定，在革除了倭国王号之后，应当在原属地上设立相应的羁縻州县或者卫所，来实施对于倭国大小地方势力的管理。
这也是秦汉以来的旧制了，汉代封土著酋长为王侯，唐宋设羁縻州，元代置宣抚司、蛮夷长官司，至本朝融合元制并更趋完备。这些羁縻机构主要分布于东北、西北、四川西部及青海、西藏，形成羁縻都司、卫、所及土府州县体系。大明在少数民族聚居地设置地方机构，主要分两种：一种是文官系统，如土府、州、县；一种是武职系统，即宣慰、宣抚诸司及羁縻都司、卫、所。而朝廷要在倭国实施哪一种制度，是值得思考的问题。
朱载坖认为，所谓羁縻，“羁”就是用军事和政治的压力加以控制，“縻”就是以经济和物质利益给以抚慰，在具体的政策上，朝廷一般是在少数民族地区设立特殊的行政单位，如土州县或者羁縻都司卫所等机构，保持或基本保持属夷原有的社会组织形式和管理机构，承认其酋长、首领在本民族和本地区中的政治统治地位，任用少数民族地方首领为地方官吏，除在政治上隶属于大明、经济上有朝贡的义务外，其余一切事务均由属夷首领自己管理。
应该说虽然羁縻的独立性远远小于属国，但是在羁縻政权在内部还是很强的独立性了，这点朱载坖是很清楚的，为了要将倭国的王爵予以革除，不仅仅是要惩罚倭国，更加重要的是将倭国从属国的地位上予以出去，从属国降为属夷，这样的话，朝廷日后就可以用改土归流的名义将倭国予以实际控制。
同时朱载坖还有一个考虑，就是羁縻体制有一个什么好处，羁縻政权对朝廷是相对独立的，这点确实是的，但是同样的，在羁縻政权内部，也是相对独立的，朝廷虽然给予这些所谓的部
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