载坖首先就摆明了自己的态度，朱载坖说道：“当日朱纨一案，事起仓促，朝廷受奸佞之欺，未能审明查实，以致于今日之事，故当纠正，以慰忠良之心也。”
朱载坖这话的意思是很深刻的，首先就是对于之前的事情进行了总结，就是将之前的事情定性为由奸佞欺骗朝廷，这点是极为重要的，事实上朱纨之死还是有很深刻的政治斗争在其中的，朱纨是夏言所器重的人，在当朱纨在和闽粤等地的地方势力激烈斗争的时候，严嵩也扳倒了夏言，成为了首辅，朱纨失去了在朝中的靠山，而刚刚当上首辅的严嵩，根本来不及处理这些事情，他那会忙着安插自己的亲信，控制朝廷，哪有功夫去管闽粤的事情。
朱纨和林希元之间的互相攻讦，在严嵩看来只不过是地方大员和地方豪强之间的攻讦罢了，这种事情在大明并不是什么罕见的事情，所以严嵩本来是想再看看的，同时也有敲打这个前首辅的心腹之意，不管怎么说，严嵩的放任确实是在这件事情上起了极坏的作用，平心而论，彼时的严嵩虽然已经是首辅了，但是对于朝廷的掌控远远谈不上得心应手，即便是要整朱纨，严嵩当时也是没有这个能力的。
所以朝廷在这个事情上的责任就是误信奸佞之言，导致朱纨蒙冤，这点是朝廷这次的底线，这也是必须要清楚的，对于朝廷来说，既要为朱纨昭雪，又要控制此事的波及范围，这点是极为重要的，为朱纨昭雪就昭雪，不要再波及到嘉靖朝的旧事，这点是朱载坖的态度。
首先自然是主办此案的右都御史劳堪了，劳堪自然是要向朝廷以及在场的重臣们解释此事，劳堪认为，根据现在都察院所掌握的情况来看，林希元及其党羽主要弹劾朱纨的就是擅杀，这点在嘉靖朝是极为严重的政治问题，嘉靖对于此事是很看重，朱纨走马溪一战后，擅自将九十六人斩首，这才是最终逼死朱纨的原因。
在这其中，时任兵部尚书翁万达、侍郎詹荣，御史陈九德、给事中杜汝桢等官员上疏弹劾朱纨擅杀，这点是对于朱纨来说极为致命的事情，因为这个事情朱纨确实是有些说不过去的，当时击佛郎机于走马溪，擒光头等九十六人，械送军门，都御史朱纨俱以便宜诛之。
所以巡按御史陈九德上疏弹劾朱纨称：“律有明条，盖生杀之权在朝廷，非臣下所敢专者。九十六人者未必尽皆夷
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