照朝廷制度，副总兵的职责，主要是协赞总兵整理军务，镇守地方，受总兵节制。但是实际上，总兵与副将之间互相争夺权力的事情是极为常见的。
原因也很简单，因为由于总兵、副总兵只是差遣，而非官职，而往往总兵与副将之间的官职几乎差不多，要想副将俯首听命，这就很难了，而且有时候朝廷还会故意制造这种职务差异，由都督同知充副总兵，而总兵的本官仅为都督佥事，这就会使得总兵与副将之间的上下级关系模糊。
朝廷希望副总兵能够去平衡总兵的职权，因此对于那些敢于争权的副总兵，通常是降敕训斥一番，或是调离该地区改派别处，不会进行严厉的处罚。这就更加刺激了副将们和总兵争权的欲望了，朝廷也可以借机削弱总兵的权力。
长此以往的后果就是总兵官威不振，官军屡战屡败。