送走了胡宗宪之后，朱载坖也要开始自己的布局了。
徐阶通过这次京察在朝廷内外基本上完成了一次大换血，无论是中央还是地方上的严党都基本被徐阶扫除干净了，大批东南出身还有王门弟子得到了提拔，而朱载坖通过这次京察也发现了自己的短板。
朱载坖太过于依靠自己的讲官团队了，讲官们当然个个都是人精，但是很多时候，基层官员们也很重要，科道御史、州县官员，这些都是朱载坖的短板，正好李春芳担任翰林院掌院学士，朱载坖就让李春芳加以发掘庶吉士中的人才，给自己推荐。
同时在外的杨继盛、海瑞等人，朱载坖也去信令他们可以举荐人才。
同时，徐阶也终于可以在朝中一展拳脚了，徐阶上疏嘉靖称：今民运多逋，国储有限。边臣不思节用，岁岁求增。宜稍加裁抑，酌为定数，以绝将来奏请之端。
请求嘉靖下诏整顿九边军务，派遣御史会同督抚等官清理整顿九边军籍，核算军饷，减少冒滥。自从庚戌之变以来，朝廷每年增兵添饷，只求抵御俺答，但是饷银是增加了，但是到底招募了多少士卒，其中精壮之士多少，朝廷从未认真核查过，反正只有遇到战事，九边督抚就向朝廷请求增兵增饷。
现在太仓实在是难以维持了，所以徐阶准备从此处着手，开始推行自己的政治主张，在得到了嘉靖的准允之后，徐阶一面派遣御史到九边各处，会同督抚稽核军饷，一面令户部尚书高耀核算各镇的军饷。
首先被核实的肯定是离京师最近的蓟镇，高耀根据御史会同蓟辽总督唐顺之核实各军人数之后的数据，更定蓟州密云昌平三镇应发本年客兵钱粮之数，蓟州镇银二十七万六千一百二十两、密云十九万七千四百十两、昌平六万四千一百一十八两，比之以往减少了数万两。
同时，徐阶不但整顿九边，还派出御史整顿京营，清理冒滥和占役，稽核军饷、军器，奉徐阶之令巡视京营的工科给事中辛自修巡视完毕之后上疏：请将军器兵仗二局所造盔甲火器俱付巡视衙门及本部官督理。
这下可算是捅了马蜂窝，御史们整顿京营、整顿九边这都算说得过去的事情，可是兵仗局可是内廷衙门，什么时候轮到外廷御史来监察了，兵仗局的掌印太监当即跑到老祖宗黄锦面前哭诉去了，黄锦也觉得这事不妥，御史的手再长，总不能伸
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