面对马芳等人的上疏，朱载坖当即予以御批同意，命令萝川侯马芳整顿宣大山西等处的京操班军，哈密伯李成梁负责整顿辽东、大宁等处的京操班军，顺宁侯俞大猷负责整顿其余地方来的京操班军。
同时命令锦衣亲军都指挥使左都督陆绎、卫尉卿赵锦、总督京营戎政临淮侯李庭竹、京卫都指挥使严绍庭统帅锦衣亲军、京营、亲军诸卫弹压京操士卒，整肃军纪。
最先安定下来的是宣大山西和大宁辽东的京操士卒，马芳、李成梁都是在军中威名素著的老将，这些地方的官军士卒也都对他们极为敬服，所以在他们两人赶赴军营之后，很快就安定了下来，马芳、李成梁也都是老将了，该怎么处理这种事情也不用朱载坖教，当即将挑头闹事的士卒抓出来砍了，以儆效尤。
而俞大猷这边就相对不那么好处理了，虽然俞大猷也是国朝名将，但是这些从地方都司来的士卒根本不认识俞大猷是谁，至于其中的一些世袭卫所军官，也大多无法控制部队，只要大兵弹压才行，在锦衣亲军、京营和亲军诸卫的包围下，这些没有武器的士卒们开始慌乱了起来。
不过俞大猷处理这些事情是很驾轻就熟的，当即命令锦衣亲军向他们喊话，打开营门，安静待好，自然无事，然后大批的京营和亲军诸卫士卒们进入各营，将这些士卒们赶回自己的营房中去，随后锦衣亲军和卫尉寺就开始调查起来了。
原因其实也很简单，这些士卒们到了京师，虽然朝廷供给衣食，但是京师是不准外兵进入的，必须要有旨意才行，班操京军也不例外，所以京营派遣了士卒看守班操京军的营房，就是不准这些军士跑到京师去，但是这些军士吃饱了，当然是想出去看看的，于是就和看守营房的士卒发生了冲突。
看守班操京军的京营千户赶紧以班操士卒哗变上奏，事情其实远没有那么严重，虽然这事实际上兵部严重，但是引起的政治风波是极为严重的，很多官员纷纷上疏，认为这些丘八不可信任，兵骄难制，大规模训练班操京军不太现实，这些还算是比较理智的。
已经有不少人将矛头直接指向了练兵军务处，他们认为，正式练兵军务处提出的训练班操京军，才导致了这种事情的发生，之前由内阁、兵部管理军务的时候，并没有出现这种事情，而练兵军务处负责军务之后，竟然出现了
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