内阁认为，所谓家丁，说到底就是集中大部分的财力和物力训练出的一支精悍的机动部队。将领依赖家丁，就会造成两个恶果，第一就是戚继光所言的官军训练不足的问题。第二则是家丁和将领建立起牢固的从属关系，甚至是世代依从，这样的军队，极易形成藩镇，这才是对于朝廷来说最为要命的事情。
高拱等人在奏疏中说道：“长此以往，家丁非朝廷经制之兵，实将帅之私兵也。非朝廷之幸事。”
内阁的担忧并非没有道理，事实上，后来大明的武将跋扈、不遵号令，与家丁的关系是极为密切的，因为这些家丁只听从将帅的命令，对于朝廷的命令是根本无所谓，同时家丁还和另外一个朱载坖极度反感的东西有关，就是将门。
将帅为了控制家丁这一部分精兵，采取了带有宗族色彩的形式，把这些亲军的将官当作义子、义孙，主帅既是最高指挥官，同时也具有家长身份。还可以保证自己的子孙可以凭借血缘关系继续指挥这些家丁们，长此以往，就出现所谓将门群体。
所谓将门，就是父子、祖孙世代为将，这并非是因为他们可以通过血缘遗传先祖的勇武和韬略，要是真的如此的话，那魏国公、英国公、成国公、临淮侯才是大明现在的一流武将了，实则是因为家丁制在维系将门，将门世家的子弟虽说也有军事才能出众的，如刘显和刘綎父子，李成梁和李如松父子，但大部分资质平平，他们之所以能得到朝廷的任用，完全就是因为武将家族掌握了一支精锐的家丁部队，这些家丁只听命于家主，朝廷根本指挥不动。
这长此以往，家丁被牢牢地掌握在武将手中，私兵化倾向就愈加明显，这才是内阁真正担心的事情。
朱载坖也认为这是最值得警惕的，也正是因为如此，家丁制度必须要予以废除，官军乃是朝廷的经制之兵，是百姓用民脂民膏养出来的，而不是将帅的私兵。同时官军要重新回到大兵团作战的路上来，各级将领要切实掌握部队，善待士卒，严明军纪才行。
所以朱载坖再次召集军务会议的时候，就明确告知所有的参赞军务大臣，朱载坖已经决定，明确废除家丁制度，各级军官不允许豢养家丁，更不允许携带家丁随任，虽然要废黜家丁，但是将领的人身安全问题也必须要重视。
这也是马芳、李成梁等人之前不同意废除
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