户部、一送户科各存照，彼此互相觉察，同时每月遣科道御史盘查外库银两，造册报知户部和内阁。
每两月，在户部尚书、都察院都御史、户科给事中、锦衣亲军和东厂官校的亲自监督下，盘查太仓外库，有账目不符的立即予以惩处，可以说从隆庆二年之后，朝廷对于外库的监督是极为严密的，隆庆四年，朝廷颁布新铸的砝码给太仓库，同时再次加强对于太仓的监督。
户部左侍郎王国光上疏，将将太仓周围银匠迁走，并禁止在库应役的匠工与外人往来，同时禁止任何外人进入太仓银库，兵部调派亲军诸位轮流值守银库，锦衣亲军和东厂番子也要轮流在银库外值守，除了银库官吏之外，只有户部尚书、巡库御史、户科给事中在每两月的盘查外库中可以进入太仓银库。
同时对于老库，封锁完固，不到每年巡察的时候不准打开，朱载坖明白，这就给了太仓中的这些硕鼠机会，朝廷对于外库肯定是极为重视的，他们要想和之前一样，通过伪造关防等方式直接盗取外库的银两显然是不现实了，所以他们将目标瞄准了老库，因为老库平日是不动的，每年的巡察也不会将所有的木鞘都打开检查，这就给了他们作假的机会。
而且朱载坖查看了之前对于太仓库银失窃的惩处，朝廷虽然会将一些低级官员和小吏处以极刑，但是更多的时候，户部的堂官往往成为背锅侠，嘉靖十一年十一月，总督仓场户部尚书王尧封因太仓库官攒在收放白银的过程中作弊而被命致仕，嘉靖二十六年，户部尚书王杲因为属下官吏将成色较低的白银解入太仓库调换盗取官银而被发边充戍，后来死于戍所。
朝廷的这种处理方式本意是好的，希望能够让部堂大员们重视起来，从上而下的给官吏们施加压力，加强对于太仓的监管，但是现在看来，这种方式显然不能够抑制这些小吏们的贪欲，反而使得户部堂官们成为他们的背锅侠。
而勘察了现场之后的朱翊釴等人也回到了文华殿，朱翊釴向朱载坖奏明了海瑞和陆绎的冲突，请求朱载坖圣裁，朱载坖略一思考之后然后说道：“将一干人犯下诏狱严审，不拘用刑，但是不要弄死了。”
朱翊釴赶紧答应下来，同时朱载坖要亲自交代了此案的侦查方向，朱载坖要求陆绎，将此案的开始时间，涉及的人员，还有他们盗窃库银的数量
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