朝廷开始紧锣密鼓的准备起来，兵马未动粮草先行，首先就是各种物资的调拨，得益于朝廷对于道路的整修和这两年与蒙古人的互市，大明有了大量的牲畜可供拖曳物资，朝廷雇佣了大量的车马行为朝廷转运物资，将大军所需的粮秣、辎重和药品等物资转运到天津登船，然后先运往朝鲜囤积起来，准备向倭国发运。
同时王直也向朝廷汇报了越后等地的气候、水文、航路等情况，越后在冬季多有豪雪，夏季则晴天较多并时有焚风发生，冬季少有晴天，气候寒冷，且少有台风影响，而夏天晴天日数较多。根据这种气候特点，朱载坖命令兵部、工部相对应的准备大军的被装等物。
朝廷正在紧锣密鼓的准备东征的事情的时候，张四维也在积极和索南加措商量，经过张四维和索南加措的商量，朝廷承认格鲁派以及格鲁派活佛在青藏和蒙古的领袖地位，并且给予支持，作为回报，格鲁派和索南加措要配合朝廷加强对于青藏和蒙古的控制。
对于阴图不轨的土司、头人、台吉等青藏的贵族，格鲁派要号召信众配合朝廷，予以打击，朝廷赐予格鲁派活佛朵儿只唱的称号，尊其为上师，朱载坖从内承运库每年拨银钱五万，作为皇室对于格鲁派的布施和支持，加强格鲁派在青藏和蒙古地区的传播，而格鲁派的活佛转世，也需要得到朝廷的认可，才能够获赐印信和朵儿只唱的称号。
具体到土默特部的事情上来说，索南加措要帮助朝廷确认不他失礼的正统性，为不他失礼背书，打击黄台吉的势力，同时在蒙古诸部宣扬佛法，教化百姓，避免大明和蒙古的直接冲突。
朝廷也会资助格鲁派在青藏等地传教、兴建寺院等活动，双方达成了协议之后，张四维以密疏具奏朱载坖，朱载坖正式下旨礼部，为索南加措铸造活佛金印，授予他朵儿只唱的称号。
消息传回土默特部，本就身体不好的俺答遭到重创，再度发病，卧床不起，俺答很清楚，大明如此大张旗鼓的给索南加措授予尊号，赐予金印，只能说明一个问题，就是大明已经和索南加措达成了交易，一旦俺答去世，大明不但有三镇官军可以直接干涉土默特部，还可以利用索南加措来分化瓦解蒙古人，这会使得蒙古面临的局势更加困难。
而俺答的大病更是使得土默特部人心浮动，黄台吉、三娘子、把汉那吉
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