载坖要内阁严令湖广总督劳堪，在湖广，尤其是湖北厉行清丈田亩和人丁，同时大力兴修水利设施，使得江汉平原成为大明的新粮仓，为了保证江汉平原的粮食产量，朱载坖命令即便是实行一条鞭法之后，湖北仍旧要征收很高比例的本色，同时司农寺也要在湖北收储粮食，通过水路和陆路转运。
除了湖广之外，朱载坖开始正式思考南直隶的问题，和湖广一样，南直隶也是地域广大，而且差距极大的地方，苏松、南京是大明最富庶的地方，而北边的中都凤阳却极为贫困，这使得朱载坖早就有了析分南直隶的想法。
当朱载坖把这个想法和首辅张居正说了之后，张居正向朱载坖说道：“陛下，析分南直隶其实前代也有言，对于这些议论，当事者多以为不可。”
朱载坖于是询问原因，张居正也向朱载坖解释了原因，因为南直隶其下辖苏州、松江等地富庶非凡，南京与苏州共领丝织业风骚，扬州盐业转运，徐州军事重地，凤阳龙脉之地，南直隶之重要，可见一斑。南直隶之强，主要体现在经济实力的强大上，比较南方地区的赋税，南直隶是第二名浙江的2.63倍，其赋税总额占全国赋税的三分之一，足见经济实力之强。
更加重要的是，对于大明来说，南直隶不仅仅是经济重地，财赋重心，对于大明来说，更加重要的是南直隶有着很特殊的政治地位，在南直隶境内，又大明的留都南京应天府和中都凤阳府，如果一定要析分南直隶的话，要么将南京和凤阳排除在外，要么就以南京和凤阳建立各自的行政区。
但是无论怎么建立，似乎都解决不了南京的问题，其实归根到底，南直隶难以拆分的问题就在于南京的地位比较特殊，对于大明来说，南京地位是很特殊的，不仅仅是留都的问题，更重要的是南京还有一整套的朝廷班子，这就使得南京的地位很尴尬了。
不同于中都，虽然凤阳府是大明的中都，但是凤阳没有任何的朝廷衙门，日后就算是朝廷以凤阳为省会单设一省的，布按都司等衙门就可以设置在凤阳府。
但是南京就不同了，如果在南京建省的话，该省的布按都司等衙署怎么安置就是一个很大的问题，如果安置在南京，那么南京六部对这些衙门有没有管理权，应该如何管理？
现在的南直隶巡抚就不驻南京，一般是在镇江和苏州
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