在敲打了冯保之后，朱载坖又派内侍去请张居正出来视事，同时警告这些言官们，自己只是在整肃内廷，不要东拉西扯的，在朱载坖的安抚之下，张居正终于出来视事了，但是这些即便是张居正到文华殿召对，冯保也是目不斜视，和张居正保持距离，张居正当然明白这是什么意思，朱载坖对于内外廷的勾结是很防范了，即便朱载坖可以信重张居正，但是龙有逆鳞，触之必死，朱载坖这是在向内外的重臣们宣告，哪些是不能触碰的。
朱载坖召见内阁辅臣，是为了杨应龙的事情，之前朝廷派遣邢阶、叶梦熊两人分别巡抚贵州、四川，整顿当地官军，同时查看杨应龙的情况，现在川、贵官员对于怎么处理杨应龙有巨大的分歧，邢阶等贵州官员主张迅速剿灭杨应龙，但是四川方面的官员则是主张加以安抚，先稳住杨应龙再说。
邢阶认为，播州宣慰使杨应龙生而雄猜，阴狠嗜杀，自恃播州财富兵强，又累从征调，熟知川兵势弱，遂生虎踞全蜀之异志。杨应龙以杀人立威，小有睚眦，即行杀戮。其所辖五司七姓民众不堪其苦，遂向贵州抚按告变，称其欲叛，请求征剿，所以朝廷应该速调兵马剿除杨贼。
但是四川巡抚叶梦熊则持反对意见，叶梦熊在奏疏中称：“抗法犯顺敢负固者应龙一人，播民环居何啻亿万，其间依附村落、流寓寄住者十常八九，天兵所至，即纪律严明，誓不妄杀，能使玉石之尽分乎？”
叶梦熊主要是担心朝廷征剿杨应龙，杀伤过重，会导致西南的土司对朝廷不信任，同时杨应龙毕竟是没有明面上造反作乱，朝廷这样的急于用兵，恐怕会适得其反。
而兵部的上疏则是有些模棱两可，汪道昆向朱载坖陈奏：“应龙初本效顺，后乃暴虐，四川以功故而缓之，贵州以罪故而窘之。本犯有可宽之条，朝廷无必诛之意，只缘再提结案，遂尔计出无聊，将谓负险，可幸脱樊，不思行赂，反塞解纲，王师既抗，剪灭何疑。并论土司安疆臣等共效忠猷，如应龙父子悔祸，许自缚请罪，即与奏闻定夺，否则罔赦。”
兵部大体上是主张剿灭杨应龙的，但是态度并不是很坚决，所以朱载坖准备先和张居正商量好之后，再召集重臣们商量此事。
张居正对于此事也有些为难，从内心来说，张居正不愿现在用兵，因为朝廷正在大规模推行改革的
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