隆庆十五年是大明内外制度变革极大的一年，张居正领导的内阁，将一条鞭法、摊丁入亩等朝廷新政在大明全国推开，厉行对于田亩和人口的清查，而朱载坖则在推动朝廷官职的改革。
朱载坖首先是对于刑部进行了拆分，刑部管理天下刑名，事情颇多，原有的官员根本无法承担这么繁重的任务，尤其是朱载坖大量建设巡检司之后，刑部的工作就更加繁忙了，原有的刑部架构已经不能胜任现在的工作了。
之前对于巡检司的管理是由刑部一名左侍郎担任提督巡检衙门，现在巡检司的实力扩大，全国的巡检司，人数以万计，巡检司是朝廷设置在地方，用以维持治安，加强对于地方控制的重要机构。朱载坖不能够不重视此事。
朱载坖决定成立专门的巡检总署，管理大明全国的巡检司，为了加强巡检司的战斗力，巡检司的主要人员构成由官军的退伍士卒和低级军官构成，同时除了不装备甲胄和火炮之外，巡检司的军器装备基本和官军的一致，按照官军轻步兵的情况予以装备，巡检司属于半军事化部门，所以必须要重视。同时将刑部督捕司划归巡检总署管理，负责通缉要犯等事宜。
朱载坖决定巡检总署衙门和六部一样为正二品衙门，以刑部尚书衔总督巡检总署，同时为了保证巡检司的战斗力，还以大将一员，充提督巡检总署，负责大明各巡检司的训练、装备和大规模调动的事宜，同时在各省设立都巡检使由按察副使担任，同时为了保证巡检司的战斗力，按照各省巡检司的数量，配置巡检参将或巡检副将，负责本省巡检司的训练、装备、调动等事宜。
而南北两京作为大明的腹心之地，还要专门设立京师警巡司，直接由巡检总署管理，两京的五城兵马司、巡检司都统一由巡检总署直接管理。同时还要厘清地方官府和锦衣亲军之间的权责关系，锦衣亲军是皇帝的耳目，在地方主要负责侦查、搜集情报，查办诸如谋反、谋逆、官员贪墨等案件和朱载坖直接交办的案子，其他一般刑事案件，锦衣亲军不负责处理。
除了刑部之外，还有就是户部，现在的大明户部，是大明朝廷各部院中最为庞大的一个部门，因为户部所负责的事情也确实是大明朝廷非常重要的事情，户部除了本部之外，还有四个很重要的部门，海关总署衙门，提督钞关衙门和总理盐
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