的征战主力已经是职业制的镇协官军了，他们主要承担野战任务，卫所官军的重要性就相对下降了。
按照旧制，军士都是世袭的，单独编户籍，叫作军户。凡各地卫、所皆实行屯田，以保证军饷的供应。军士分为屯田与守城的两部分，屯田者专事耕垦，供应军粮；守城者专务防守操练。军士守城与屯种的比例大致是边地三分守城、七分屯种，内地二分守城、八分屯种。
现在卫所一般不再承担野战的任务了，朱载坖认为现在卫所的当务之急应该是首先恢复起来，也就是：“清查隐占，均平粮额，开垦抛荒最为目前急务。”
由兵部、五军都督府、卫尉寺领头，对于卫所的军屯予以清理，同时将部分没有的土地的流民充为军户，编入卫所之中，分给土地，发给农具，令其开垦土地，之前朱载坖就将军户的籽粒降到和当地的田赋一样的水平，同时籽粒的征收由地方官府负责，剥夺了这些世袭卫所军官盘剥军户的主要途径。
同时统一规划，现在天下都司为21个、留守司2个、内外卫493个、千户所359个，每卫抽调一千人作为脱产军士，作为地方都司的主要兵力，负责镇守城池、班操上京，和镇协官军享受一样的待遇，这样天下的卫所官军实际的脱产军士就是四十九万三千人，除了两京十六万班操京军之外，剩余的军士负责驻守驻守各府州县，用以守卫城池、边堡、海防等。
卫所军士和镇协官军一样是朝廷的正规军，所享受的待遇一致，军器等也基本一致，除了卫所官军中的骑兵和重炮编配的很少之外，在其他方面，卫所官军和朝廷的镇协官军都享受一样的待遇，但是经费来源不同，朝廷的镇协官军是有朝廷直接保障军饷和军粮、装备的。
但是卫所官军的保障来源就相对比较多了，主要是朝廷保障军器装备，军粮军饷方面，则是由卫所的屯田籽粒和地方财政共同保证，但是沿边的省份如山西等，尤其地方财力不足，而沿边卫所众多，可以由朝廷予以接济，这样可以减轻朝廷的负担。
同时对于士卒，要予以优待，凡是参军的士卒，不管其是军户还是民户，免除其家二十亩的赋税和各种差役折色，作为优待士卒的条件，经过改革之后，卫所的作用发生了重大的变化，由原来朝廷的的征战主力变成了城防和预备的工作，当镇协官军缺员的时候
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