朱载坖命令厂卫在两京和重要的城市搜捕这些山人，同时刑部和巡检总署也要严密缉捕，命令各地的巡检司也要对于这些乱晃的山人予以严厉惩处，凡是没有路引、户帖的，一律当作流民处理。
同时命令礼部还有各提督学政，清理各地的生员、举子，对于这些生员，要严厉检查，尤其是那些取得了功名，既不继续参加考试，又没有正当职业的，地方官员和提学官要加以重视，对于这些人，提学官要专门组织考试，对于其中学问不达标的，要予以革除功名。
山人之中，除了一些生员举子之外，还有佛道中人，对于这些人，朱载坖也命令礼部对于这些人加强管束，不要以为有了度牒，就跳出三界外，不在五行中了，要严格控制度牒的发放，凡是想要取得度牒的，都必须经过僧录司、道录司的考试才行。
对于违规剃度出家的，要严厉惩处，还有那些把度牒当成通关文牒的用的，也要严厉禁止，命令刑部和巡检总署，对于那些拿着度牒到处流窜的，也要予以缉捕，严审其去向，无法说清的，就照流民处理，发缅甸、哈密、大宁、辽东等处屯垦。
对于晓谕大明文武官吏，不准豢养这些所谓的山人、门客等，一经发现，即以奸党论处，对于之前州县官员所聘请的师爷、幕友等人朝廷也要予以清查。之前大明的州县官员，往往自己聘任师爷或者幕宾，协助自己处理政务，朝廷一般也没有干预。
不过朱载坖很清楚，长此以往下来，朝廷和地方官府的行政能力会下降，之所以出现师爷，主要还是朝廷的州县正印行政能力不足和佐贰官的配置不足所导致的。
最开始的时候，大明也在地方各行政机构配置过幕属官，该官虽能起辅助地方官之用，但官员由朝廷铨选，长官不能自辟，往往还有替朝廷“安插眼线”之嫌，地方官员对之并不信任，影响双方之间关系。由此导致自正统之后，幕属官虽有幕职，但常被地方官弃之不用，转而自聘人员。此外，新任的总督、巡抚或提学道等官巡历地方时，因不熟地方事务，且未配人员佐治，多自行聘请人员。自行延聘之人普遍，幕宾应运而生。
现在大明的各级衙门中，上自督师，下至州县，甚至军镇，均有聘幕情形。一般的州县官员，聘两三个师爷是很正常的事情，县官最少是要聘请两房师爷，也就是钱
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