见外屯失守，杨应龙再次沐昌祚请降，杨应龙很清楚，沐昌祚是绝对不会接受自己的投降的，所以杨应龙给沐昌祚玩了个花招，让播州妇女以妻子田氏名义向官军投降，并向官军表示杨应龙已饮药而死，对于杨应龙的这些花招，沐昌祚根本不为所动，现在牧场的想的就只要一件事情，就是破海龙囤，擒杨应龙，怎么同意杨应的请降了。
在沐昌祚的指挥下，官军猛烈攻城，接连攻破二关、三山，并截断播州军的柴樵和水源。但是海龙囤前山陡峭难以攻破，于是沐昌祚命令总兵马孔英率精锐从后山攻打，但是阴雨连绵，土地泥泞，官军仍无法攻破海龙囤，双方就这样对峙了四十多天。
连续作战对于官军来说是极为疲惫的，但是对于水源断绝的杨应龙部来说就更为痛苦了，不过官军也没有闲着，张元勋等人在附近砍伐树木，运送到山上，准备放晴之后，就焚城进攻，等到天气放晴。
隆庆十五年十一月初九日，连日的阴雨终于结束了，沐昌祚随即下令总攻，贵州总兵张元勋率兵放火焚城，刘綎和马孔英则分别率领精锐准备破城。
海龙囤四面火光冲天，杨应龙知道末日来临，与其妻田氏，妾室周氏、何氏返回王宫三星台将屋门钉死，登楼自缢，纵火焚尸。
杨应龙的自杀，使得叛军士气崩溃，刘綎率军直扑杨应龙的所谓王宫，俘虏田氏和杨朝栋、杨兆龙等杨应龙亲属百余人。他很清楚，眼下此战的首功就是擒获杨应龙，死活不论，刘綎从田氏口中听说杨应龙自杀的消息，于是立马赶到三星台将杨应龙尸体抢出火海，由于火势火大，刘綎甚至被烟呛至昏死，经抢救才苏醒过来。不过将杨应龙的尸体抢出来了，这首功就当之无愧了。
杨应龙年初起兵，官军征战十月有余，调集川、滇、黔三省之兵，终于将其扑灭，沐昌祚立即向经略赵锦报告此事，由赵锦向朝廷报捷。
而之前朝廷有关在贵州实施改土归流和分土世官的决策已经传达给了贵州方面，赵锦和邢阶也已经对于播州的事情做好了相应的规划，赵锦认为：“今逆酋既平,相应改土复流,以变夷俗。”
而具体的措施是：“播州遵义县故地，白田坝，沃野千里，应当设置为府治；夜郎县故地桐梓，位于綦江南路，是川贵路要道，应当设置为一县；绥阳县故地望草，向南靠近务、思
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