他的首辅尊严，但是作为皇帝，同样要在内阁当然安排自己的人，所以朱载坖选了申时行和余有丁这两人入阁，他们两人性格都相对比较温和，不容易和张居正起冲突，但是做事沉稳，尤其是申时行，还是颇有手腕的。
除了京师之外，对于地方重臣，也要予以调整，原右都御史总督浙直杨继盛，回朝担任右都御史，原南直隶巡抚沈炼接任，同时调山东巡抚吴百朋为南直巡抚，曹国公李庭竹病重，罢提督蓟辽大宁等处军务事，回京休养，调原提督宣大军务黑春担任提督蓟辽大宁军务，原任大同总兵郭琥升任提督宣大军务事。
原任宣府镇总兵，英国公张元功回京，任京卫都指挥使，原京卫都指挥使严绍庭，调辽东总兵官，朱载坖经过一连串人事任免，对于朝廷的重要岗位予以轮换，同时还确定了随驾的人选，首辅张居正、武英殿大学士潘晟、东阁大学士余有丁留守京师，东阁大学士申时行随驾。
重臣方面，总督仓场户部尚书张学颜、工部尚书严世蕃、吏部左侍郎陆光祖、兵部左侍郎吴兑、右都御史杨继盛、英国公张元功、蓬莱侯戚继光、恭顺侯吴继爵、武定侯郭大乾等一干重臣随驾。
对于朱载坖的决定，太子朱翊釴当然是不太开心，朱载坖出门浪了，他就得坐镇京师，朱翊釴说道：“父皇坐镇京师，儿臣代天巡狩也不是不行。”
回答他的是朱载坖的白眼，眼下隆庆十五年已经算是结束了，各衙门都准备封衙休息了，朱载坖也在查阅各部的总结和明年的预算等事项，不是重大事情，这几日都不会来烦朱载坖的，连平日里最讨厌的言官御史都不敢多说什么。
不过隆庆十五年十二月二十八日，一份从广州来的急递打破了京师祥和的过节气氛，这份急递的是大明派往佛郎机的使节翰林编修萧良有、宋希尧和礼部祠祭司主事卢洪春从广州发来的，他们本来是奉命出使佛郎机的，但是在吕宋岛被佛郎机人所扣押，船只也被佛郎机人所没收，萧良有等人在吕宋当地华人的帮助下才得以逃脱，搭乘尼德兰船只返回大明，向朱载坖奏报此事。
朱载坖得知消息之后勃然大怒，两国交战，尚且不斩来使，大明主动遣使佛郎机，想要释放善意，没有想到佛郎机蛮横至此，全然不把大明当回事。
萧良有等人也在奏疏说明了此事，佛郎机人之所以
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