明法实施之后，反对的声音是一直不断。
当时人认为士之末者，乱世之事也，他们纷纷向朝廷上疏称：“进士科上可以陈皇王之事，述道德之任，试于贤良诏是也；下可以通经义之精，服诵习之劳，应礼传科是也。明法不足取也！”
如殿中侍御史刘挚就认为：“臣窃以先王之治天下，以礼义为本，而刑法所以助之者也。旧制明法最为下科，然其所试必有兼经，虽不知其义，而止于诵数，而先王之意犹在。今新科罢其兼经，专于刑书，则意若止欲得浅陋刻害之人、固涉深险之士而己。”
认为明法科所选拔出来的人，都是些浅陋刻害、固涉深险，说白了就是一帮酷吏罢了，而在中国历史上，酷吏的名声一向是极差的，如张汤、周兴、来俊臣等人，在斑斑青史上是什么名声，不问可知。
而在司马光当政之后，肯定是要将王安石的所有政策予以推翻的，司马光的态度就更为激进，他在奏疏中说道：“夫礼之所去，刑之所取，为士者果能知道义，自与法律冥合，若其不知，但日诵徒流绞斩之书，习锻炼文致之事，为士以成刻薄，从政岂有循良，非所以长育人才，敦厚风俗也。”
司马光的看法就更加激进，司马光认为通晓法令是当官者必备的素质，明法科考试没有设置的必要，如果为士者能够知道义，自然与法理融会贯通，如果不知义，只专刑法，就会使人流于刻薄，并非长育人才的办法。从此时开始，明法科虽然有所更易，但是基本上沦为摆设，到南宋彻底消亡。
所以朱翊釴的看法是新科明法的消亡主要还是和当时党争有关，朱载坖认为朱翊釴的这个看法并不算错，从整个明法科的设置来看，从新科明法的取消到明法科的彻底消亡，确实和当时的党争有着密不可分的关系。
但是朱载坖认为，这里面还有更深层次的问题，朱载坖认为，这和中国的儒法关系还是有很深刻的联系，从汉武帝以来，历朝历代基本上都以儒家治国，但是法令也是必不可少的，所以也有人认为实际上是儒法并用或者说外儒内法，但是朱载坖认为，儒法关系没有这么简单。
从历代以来的官方说法，虽然是以儒家治国，但是从来也都是强调德主刑辅，也就是既要有怀柔教化之功，也要有刑杀镇压之力，更多的时候是儒法合流，汉文帝和汉景帝以儒家德化治
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