而在内阁值房中，几位阁臣和部院重臣们也在商量此事，朱载坖要想重新开明法明算两科，对此这些重臣们还是有很多不同的想法的。
吏部尚书张瀚和户部尚书王国光对此还是有些忧虑的，从朱载坖即位以来，虽然通过各种改革措施增加了朝廷的收入，但是大明官员的数量也在激增当中，嘉靖末年，内外文官不过24683人，朝廷的法定编制也不过二万四千六百人，但是现在朝廷的内外文官数量已经突破三万六千人的，文官数量增加了一万人，还是武臣数量也不少，嘉靖年间曾经达到十万人，朱载坖即位之后，厉行整顿行伍，多次清军之后，武官的人数下降到七万多。
但是要是继续开设明法、明算两科的话，朝廷的官员肯定是会越来越多的，这会对朝廷的财政造成极大的压力，对于这些看法，首辅张居正则是对他们予以安抚，将部院重臣们送走之后，内阁辅臣们聚在一起讨论此事，作为内阁辅臣，他们接触朱载坖的时间相对比较多，再加上他们这些大明官员中的人精本就十分的敏锐，当然已经察觉到了不对劲了。
张居正笑着问道：“汝墨（申时行字）怎么看此事？”
申时行说道：“首揆，依下官看，陛下是对现在的官员有些不满了。”
张居正说道：“虽不中亦不远也！”张居正很清楚，朱载坖这次提出想要恢复明法、明算两科，直接原因当然是朝廷的需要，随着朝廷对于地方管理的逐渐严格、细致，确实需要大量的专业官员来处理政务，但是更深层次是原因是朱载坖对这些儒臣们有些不信任了，这点朱载坖虽然一直掩饰的很好，但是张居正这些人是何等的敏锐，自然是能够察觉的。
之前李春芳、高拱时代，朱载坖虽然有这个心思，但是并没有过于的大动作，仅仅是采取给有功工匠授官、提升翰林医官们的品级等擦边球的行为，但是随着朱载坖的君威日盛，这次朱载坖明确要求要重新开设明法、明算两科，说明朱载坖对于大明现在科举取士所选出来的这些儒臣的能力是不信任的，他们无法处理这些相对专业的事项，所以朱载坖以此为由，要求开设明法、明算科。
张居正何等敏锐的人，自然是察觉了朱载坖的想法，但是张居正也很清楚，现在朱载坖君威极盛，甚至比当年的万寿帝君更加强势，硬顶绝对没有好果子吃，
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