张居正陈述完了自己的意见，小心的观察着朱载坖的反应，对于张居正的这些意见，朱载坖认为有部分是可取之处的，如从进士、举人当中选拔愿意学习法律、算学的，经过培训合格之后在分到相应的衙门任职，朱载坖认为这个办法是很好的。
对于对于在明法、明算两科大规模增加儒学内容，朱载坖认为要有所商榷，朱载坖认为朝廷选拔明法、明算科，首先就是要选取相应的人才，对于这两科来说，专业能力是最重要，过分强调儒学素质对于这两科来说就不太重要了，所以朱载坖认为，张居正所提出的以儒学定去留，以科名定等次的办法似乎有些不妥。
朱载坖认为，既然是考试明法、明算两科，那么考试的科目就是明法、明算，但是儒学底子确实是要有的，朱载坖认为在明法、明算两科考试之前，由礼部组织一次考试，专门考察这些应试生员的儒学水平，但是考试的难度不必过大，达到秀才的水平即可，在通过礼部和翰林院的考试之后，才能参加明法、明算两科的考试，这样以保证明法、明算两科的应试举子有一定的儒学底子。
但是在两科的具体选取中，惟本科的成绩作为参考，这点也得到了张居正的认同，毕竟朝廷现在所需要是专业人才，他们只需要具备基本的儒学底子就行了，真正重要的是他们的专业能力，这点张居正也是认同的。
但是君臣分歧最大的一点就在于明法、明算两科出身的官员是否应该设置上限的问题，朱载坖认为他们本就在法司和相关衙门中工作，没有特旨是不能调入其他衙门，也不能够担任州县正印的，他们的上限本来就不可能太高，朱载坖还不了解这帮官员们吗？
即便是朱载坖搞了十多年的三途并进，一大批的吏员也通过考选成为官员了，但是看看现在，整个大明又有多少正印官和京官是吏员或者举人出身呢？举人出身的官员现在已经算日子好过的了，因为大量吏员出身的官员进入官场之后，成为了官场的底层，而原本官场的底层举人的地位反而是有所提升，现在的底层肯定是吏员出身的官员们，其次是举人，然后自然是进士们。
朱载坖提拔海瑞以举人出身担任左都御史，执掌天下风宪之后，举人出身的官员处境有所改善了，一些考绩优良的举人官员被吏部所举荐提拔，现在举人出身的官员担任
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