除了镇守总兵官之外，就是官军各军的提督军务总兵官，朱载坖命令将没有战事官军加以整编，也统一编制，实施新编制，以军师制度取代之前的镇协、营兵和都司卫所制度，统一大明官军的编制，将大明官军中的机动力量统一整编为各军，和镇守总兵官不同，各军提督军务总兵官所负责的就是下辖各军，统帅这些官军进行训练、作战，直接接受辖区提督的指挥。
同时各军的配置由参谋军务总署根据实际情况确定，报请军机处批准之后由皇帝下旨调动配置给各提督的辖区，各军是朝廷官军的进攻和野战主力，也是朝廷手中的机动力量，所以各军必须直接由参谋军务总署指挥，只是临时由参谋军务总署和军机处配置给各提督用以加强战略、战役方向官军兵力，各军的编制、配置等都直接受军机处的控制，将之前朝廷部署在各地的机动力量都统一整编为军师。
在镇守总兵官麾下，除了各都司卫所之外，也要按照实际情况配置相应的师、团，但是不设立军的编制，同时将都司从正二品降为正三品，受镇守总兵官的管理，这样的话镇守总兵官和提督军务总兵官分领军务，这样才能够保证朝廷对于官军的控制，这点是这次朱载坖进行军事改革的主要目的。
随着大明疆域的扩大，官军的员额也一直在增加，这些年也一直有大臣对于此事比较担忧，因为朝廷为了作战，常常要授权大将们指挥官军，大将们在军中威信过高，对于朝廷来说并非好事，这点朱载坖当然也是知道的，一方面朝廷要避免大将专兵给朝廷所带来的各种威胁，另一方面也要避免将不知兵对于大明国防的威胁，这其中的分寸是不好拿捏的。
朱载坖认为还是要加强对于官军的直接控制，同时还要加强朝廷对于官军各部的调度，所以朱载坖决定统一官军编制，统一号令，加强调度，这点是极为重要的，现在大明官军，尤其是陆军的规模已经超过百万，规模之大，是现在各国当中最强的，这么庞大的官军，要予以调度、指挥，首先就是要统一编制，按照参谋军务总署和清军督练总督所制定的编制表。
官军一共编成八十个师和一些独立旅、团，陆军员额一百三十五万余人，除了属于各镇守总兵官麾下的官军之外，官军一共编成二十个军，除了京军六军直属于皇帝之外，其余的十四个军部署于各
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