除了这些之外，还有就是直接招募百姓为卫所士卒，发给路费、行粮和土地，将他们编入卫所之中在新疆屯垦，根据军机处的规划，要在西域设置四十到六十个卫所，才能够保证朝廷对于西域的绝对控制，当然除此之外，此次的征西大军中，也要动员这些士卒们就地退伍，回到卫所，给予其更多的土地和官职赏赐，鼓励他们留在新疆，成为这些卫所的军事骨干，也是极为重要的。
不过虽然要设立这么多卫所，但是也不必一次就全部设立，朝廷可以逐次增加，加强对于新疆的控制。除了兵防之外，行政体系的建设也是极为重要的，尽管西域人口不多，但是对于朝廷来说，西域的地位重要，同时有大量的资源，地域也极为广大，所以朝廷也必须重视此事。
而对于朝廷来说，西域最让人头疼的也就是这些地域广大的，因为整个西域的面积远远超过内地各省，甚至内地两省都不及西域一省的面积广大，在这种情况下，朝廷怎么有效的官吏新疆，这是一个重要的问题，现在朝廷将总督的驻地定在了轮台，主要的考量是方便控制整个天山南北，进而控制整个新疆，但是广阔的沿边地区，仅仅依靠个府州县来控制显然也是不行的。
所以吏部和内阁提出了自己的方案，将整个新疆分为三个部分，第一个部分自然是北路的伊犁、阿勒泰等地，作为新疆以北制南的关键，同时承担防范卫拉特四部的重要职能，对于北路自然是要极为重视的，所以要配置巡抚一员，驻节伊犁，同时兼管科布多大臣，负责处理卫拉特四部和北路的边防事宜以天山为界，以北尽属北路巡抚管辖，同时设立镇守总兵官一员，负责北路的卫所、屯田和边防等事宜。
其次就是南路，南路的情况最为复杂，因为新疆南路的人口多，城市也比较密集，同时这里的伊斯兰化也是很深的，在这种情况之下，朝廷必须要在这里派遣巡抚一员，负责轮台以西，天山以南的新疆南路管辖，同时配置镇守总兵官一员，巡检副将一员，不仅仅要配置常备官军、卫所官军，还有大量的配置巡检官军，加强对于此处的控制，严厉打击邪教，同时发展南路的商贸，虽然不能再次重现丝绸之路的辉煌，但是和周边各汗国通商也是极为重要的。
最后就是东路，主要是交河、哈密等地，这些地方已经被大明控制的比较稳定
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