大明现有的工业体系和科研体系，基本上是在朱载坖的诏令之下建立起来的，朱载坖很清楚这个体制的弊端，就是偏重重工业，尤其是军事工业，而对于轻工业和民生事务，关注很少，这点是从这个体制建立起来的时候就存在的弊病，因为朱载坖建立的这个工业体系，主要是为了满足朝廷的需求而设立的，对于朝廷尤其是当时的朝廷来说，军事问题显然是最重要的问题。
但是到了现在，这个体制的弊端就已经显露无疑了，缺乏对于轻工业和民生工业的支持，尤其是对于农业等的研究，已经是没有的，这点对于大明来说是极为要命的，朱载坖很清楚，跛脚的巨人是走不远的，对于大明朝廷来说，军事工业是肯定重要的，但是轻工业、农业等是一样重要的，朝廷现在财政宽裕了之后，必须在这些问题上予以增加投资，补齐短板才行。
所以朱载坖在和这些相关衙门的官员商量了之后决定，大明的科研要追加投资，主要用在和轻工业与农业相关的领域，在轻工业上，主要就是各种的机械的蒸汽化，同时对于茶叶等行业的专用机械的研发，而对于农业，主要是各种肥料、农药等的研发，还有新品种的选育，这些都是极为重要的事情。
在司农院下设立农艺监，专司这项事务，广选天下良种加以培育，选育各种作物的优良品质，同时借此机会发展生物学。
而在其他理工项目上，朱载坖也做了相关的布置，物理以力、热、声、光四门作为主要的研究对象，尤其是光学和力学，是现在大明最需要的事情，同时要将这些研究成果转化为实际可以应用的东西，比如显微镜等有助于大明医学和生物学发展的事项。
其次的一个重要的问题就是化学，现在朝廷尤其是官军需要大量的光学器材，在这些玻璃的制造需要大量的纯碱，而大明纯碱是很少的，现在朝廷主要是通过北虏的碱湖获得纯碱，但是还是比较缺少的，所以必须想办法获取更多的纯碱，纯碱是光学工业的重要原料，实在不得已大明出兵都要控制北虏的碱湖，以保证朝廷能够稳定的获得纯碱。
除了纯碱之外，就是硝酸的问题了，三酸两碱之中，对于大明来说比较头疼的就是硝酸了，大明虽然已经能够制取到硝酸，但是极为不稳定，而且还没有获得到浓硝酸，硝酸对于军事工业来说是极为重要的，而且对于
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