工部尚书，被群臣廷推南京兵部左侍郎张凤翔担任。他空出来的位子，被群臣廷推原任陕西巡抚、兵部右侍郎孙居相担任。
两人都是属于东林党，他们这种做法，让朱由检心里有些不快，让孙居相仍旧担任右侍郎，没有提升品级。
这样调整下来，南京六部尚书，只有王在晋没变，仍旧是南京吏部尚书。
随后是任期结束、需要调换的督抚。因为陕西戒严，三边总督和延绥巡抚提前就被任命。保定巡抚卢象升、福建巡抚朱一冯，则是确定留任。
两广总督商周祚，被推选为工部左侍郎。他空出来的两广总督一职，在朱由检操纵之下，被群臣廷推原任福建巡抚、打赢澎湖海战的南居益担任。
江南巡抚李待问，被推选为南京户部尚书。他空出来的职位，被群臣推举山东右布政使曹文衡担任。
此人在年初二月选官时，就被朝廷调任江西左布政使。但因为他在山东干得太好，被当地百姓挽留。如今八月选官，被再一次升迁，担任江南巡抚。
云南巡抚谢存仁，因为黔国公沐启元暴卒案，被朱由检认为不称职。在朱燮元的推荐下，朱由检操纵推举，任命袁崇焕担任。
袁崇焕空出来的川贵五省护军使，被九卿推举原任四川巡按、曾经在守卫成都时立功的张论担任。
湖广巡抚一职，被改为两湖总督。之前多次请求回乡养病的闵洪学，也不知是不是适应了湖广的气候，已经不再生病，参与了两湖总督竞聘。
朱由检因为他在湖广这一年干得还算不错，让他转任此职。
新设的湖南巡抚，则被群臣推举原任浙江巡抚王洽担任——这又是一位东林党人。
这些都是到期调换的督抚，还有没规定任期、却同样需要更换的。长城督师王象乾，就是其中一例。
此人已经八十三岁，朱由检去年就不怎么愿意起复他。但是因为王象乾和草原上的权贵熟悉，擅长招抚他们，所以起用此人。
如今眼看明年就是己巳年，建虏有可能像历史上那样，越过草原向长城入侵。朱由检当然不能继续留任他，以免误了大事。
这个总督或督师人选，朱由检非常慎重，让袁可立等大臣，推选得力人才。
但是现在的朝廷，实在拿不出符合他需要的统帅人才。袁崇焕、洪承畴两人朱由检不敢放在这么紧要的地方，孙传庭、卢象升各有要任。陈奇瑜、杨
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