原作之中，碇真嗣驾驶着初号机看着绫波丽和碇源堂相谈甚欢的样子，可以说是同时吃了两份醋，甚至一时间不知道该吃谁的醋才好，但这次似乎并没有同样的剧情展开了。
相比于对少女那朦胧的好感，碇真嗣更加在意的反而是她神秘的身世，在大致学会了计算机神经网络方面的技术之后，碇真嗣这几天也终于借着空闲时间构建起了属于自己的人工智能，在没有引起警觉的情况下，稍微从nerv总部里窃取出来了部分情报。
凌乱的情报之中，能梳理出来的有效信息有限，但其中一条就是有关绫波丽的，而且是一条非常隐秘的情报，在十年前，有一条尸体处理的特殊文件。赛
一般情况下，在使徒来袭之前，nerv是不会死人的，就好像一家好端端的公司，一般情况下也不会有员工猝死。但在十年前，却有一个四岁女孩儿尸体的处理报告，这份报告的加密等级很高，但因为存储机制特殊，反而是被碇真嗣被率先翻了出来。
而这玩意儿最离谱的一点就在于上面的那张照片，照片上女孩尸体蓝发红瞳，相貌和绫波丽极为相似，甚至于文件上登记的名字都是相同的，这很难不引起碇真嗣的疑惑。
他基本可以确信，尸检报告是没有问题的，除了被人隐藏起来之外，细节应该都是真的，那么问题又来了，十年前死掉的那个绫波丽，和现在的这个究竟是什么关系？为什么他们有同样的名字，几乎相同的相貌？是双胞胎又或者是其他的某种可能。
相比于和少女之间可能出现的亲密接触，碇真嗣拿着身份卡，一路上全都在想这些离奇的事情了。
等他到绫波丽房间门口的时候，这才稍稍回过神来，连续在门口按了几下门铃，却发现里面没有任何反应。
看起来不管碇真嗣来的早还是晚，最终都恰好会赶上少女洗澡的时候抵达。而他在门外显然不可能知道里面发生了什么，看到了门没有所犹豫了一下就选择推门进去。
房间里一片凌乱，还能够看到沾着血的纱布和床单，实在不像是一个有生活气息的地方，唯一整洁的大概就是床头柜，那里没有凌乱的纱布和药片，取而代之的是一个敞开的眼镜盒和里面破碎变形的树脂眼镜。赛
那是不久之前，零号机失控，插入栓意外弹出后，碇源
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