成了“辽东隶于山东”这一特殊的行政区地理现象。
这样的行政地理划分，在中国历史上也是唯一的一次。
辽东全境的民政事务全部纳入山东管辖之下，海运通行之时商贾骈集，贸易货殖络绎于金、复间，辽东所以称乐土也。
不过在此之后，很快辽东海运就被废弃，虽大多被认为和正德年间刘瑾用事时，海船损坏不修，料价干没，山东本色悉改折色，由山海陆运入辽，海运复废有关。
但其实，根本原因还是两地之间利益争斗的博弈。
初期，山东输往辽东的物资主要是粮食和布匹、棉花等，可在辽东沃土开垦后，粮食能勉强自给，辽山多，苦无布的弊端显现，需要外来支援。
山东登莱地区宜木绵、少五谷，自此山东和辽东贸易往来逐渐变成布匹和棉花。
此时的登辽海运已经不再是战争状态下的国家强制行动，而是和平时期按部就班的固定程序。
随着时间的推移，海运事务中产生诸多细节矛盾，辽东与山东之间的地域利益冲突也逐渐显露出来。
虽然辽东的民政和司法事务在名义上归山东管辖，但主管辽东事务的辽东都司却独立于山东管辖之外，这使得两地的地位相对平等，因此在发生利益冲突时也更加互不相让。
比如在货运交接环节中，按照原有规定，山东运船应先将棉布运抵辽东，由辽东官员查验数量及质量，确认收货后再行返回。
和运河弊端中漕军的遭遇一样，辽东官员常期以纰薄短窄的罪名，责令转运之人赔偿，以此破家者众。
由于辽东军官勒索山东转运船只，在山东官员的提议下，棉布交接程序被改在山东进行。
辽东派员前往山东查验棉布数量质量，合格后再装船启运，“勒取登州府解户布、钞等物”的辽东军官也受到降职处罚。
问题看似得到解决，但新情况又随之出现。
货物交接改在山东进行后，占有地利的山东官员又开始徇私克扣，以次充好。
但由于辽东派往山东交接货物的是辽海东宁分守道和分巡道下属官员，在职务上归山东布政司和按察司管辖，所以也很难对货物的质量和数量提出异议。
最后，勒索一方由辽东官员变成山东官员，其实问题还是没有得到解决。
为保证辽东军士的权益，辽东总兵官请求将交货地点仍改回辽东，这些利益冲突与矛盾直接影响
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