连续击败、吞并了闽粤沿海的主要海上大帮之后，他的实力已经扩展到了前所未有的地步。前往南洋和日本的船只全部都挂上了他的令旗。他一声令下，就能动员其上千艘大小船只。组成一支东亚海域最为庞大的舰队。
但是这些船当中的大部分并不适合海战。真正能够为他争霸海上的是他手下那些最大的海船。当初李魁奇叛走，带走了他麾下大部分战舰。熊文灿出钱出炮支援郑芝龙，使得郑家得以建造了一批大型福船型战船。这批船只不但尺寸远远超过了官兵的400料战坐船，就是比起欧洲人在远东的大多数商船也要大。
其麾下最大的主力战舰：福船型三桅炮船――根据特侦队和情报部门的测绘、摄像和推算。这种船大约全船长度为61米，水线长53米,船宽13.8米,水线宽13.0米,舱深4.89米,吃水3.9米,排水量大约在1200吨左右。每船装备了8～10门红夷大炮。由于福船很少用肋材，而且型深不够，不能在甲板下设置全通式火炮甲板，所有的火炮都要安装在甲板上。造成战舰的重心偏高。为了避免船只不稳，装备的火炮数量和重量都有很大的限制。因而郑芝龙的战舰尽管在尺寸吨位上和欧洲船只不相上下，但是火炮数量远不及欧洲商船平均24门大炮的装备数量，更不用说那些专门用来海上战斗的32门火炮的战舰了。
按照火炮数量和一次射击中的弹药投射量，郑芝龙的主力战舰8炮战船至少要4艘才能顶一艘，所以在与荷兰人的料罗湾海战中要靠火船致胜也不奇怪了。
当然，这些船除了用来保卫郑家的海上霸权，更多的也充当远洋商船――毕竟在前往海外贸易的航线上，时刻都有被中外海盗袭击的危险。必须有强大的武装才能保证安全。根据特侦队的侦查，目前有十四艘三桅炮船停泊在安平、厦门和金门海域。其中料罗湾最多：有七艘，安平停泊四艘，厦门和鼓浪屿三艘。
初此之外，特侦队还报告目击到三艘欧洲式船舶停泊在以上地点。排水量从400吨位到1200吨不等。其中一艘最大的“快艇”悬挂有荷兰东印度公司旗帜，应为荷兰驻福建的商务员所有。另二艘悬挂郑芝龙的旗帜，可能是他仿造或者购买的欧洲船只――大图书馆表示有资料显示郑芝龙曾经企图
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