脱离了被袁崇焕控制的毛文龙旧部，投奔了登莱巡抚孙元化，成为火器部队指挥官。
从以上经历看，孔有德是个颇重感情的人，毛文龙被袁崇焕杀害后，他并没有一怒之下去投靠满洲人，而是在明军里跳槽换个上级继续为国效力，没有任何问题。
三年后的崇祯四年底，辽东爆发大战，孙元化派遣孔有德率部驰援，先走山东陆路再从海路去辽东，当时是冬天，刮风下雪，孔部官兵们饥寒交迫、艰苦不堪，在登州境内，由于地域歧视、军民矛盾等原因，当地的豪强富商大户不愿为孔部提供粮草衣被物资，孔部一个士兵饿得受不了，偷了当地名门望族、豪强大户王象春家一只鸡吃，
王家的家仆发现后大怒，闯进孔有德军营里，要求孔有德严惩偷鸡的士兵，孔有德不敢得罪王家，把偷鸡的士兵打了一顿板子并用箭矢穿耳游街，但王家还是不满意，要求孔有德处斩该士兵，孔有德忍气吞声地照办了，顿时，孔部的官兵们彻底地愤怒了，他们辛辛苦苦为国上战场打仗，不但缺食少衣，还要受这种欺辱，谁受得了？
正好，孙元化部下有个名叫李九成的将领花了一些公款，害怕被孙元化算账，打算造反，但孔有德部是听命于孔有德的，必须由孔有德带头，于是，李九成便趁机利用官兵们的群情激奋逼着孔有德带头造反，孔有德知道自己不答应肯定会死，同意了，于是，他反叛了明朝。
从以上经历看，孔有德绝非骄横凶悍的将领，面对王家的得理不让人，他表现得很胆小，一而再地退让，王家等豪强不给他的部队提供粮草衣被物资，他也没有硬抢，部下士兵只是偷了一只鸡吃，他就把该士兵处斩了，如果换成左良玉、高杰、刘良佐、刘泽清，会怎么样？不把当地抢个精光才怪。
另一方面，王家等豪强可谓愚蠢透顶，本国军队上战场打仗，他们不但不支持，还故意刁难，区区一只鸡，算得了什么啊？他们难道不该是慷慨解囊、毁家纾难地支持本国军队吗？跟夏华在扬州、在南京遇到的那些豪强士大夫缙绅一个鸟样，满嘴仁义道德，实则黑心烂肺。
崇祯五年，孔有德造反了，但他只是叛明，并没有降清，接下来一年里，他一直在山东跟明朝官军打仗，试图割据自立，在抓住老长官孙元化后，孙元化不愿叛明，他也没有将其杀害，而是放他回明朝，讽刺的是
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