约55岁。他被安葬于庇都的王室陵墓区，其陵墓按照商朝君主的最高规格修建，陪葬品包括大量青铜礼器、玉器、陶器与少量奴隶，体现了当时商朝的富庶与对这位明君的尊崇。祖乙去世后，其子祖辛按照“父死子继”的传统，顺利继位，成为商朝第十四任君主。
祖乙留下的统治遗产对商朝的后续发展产生了深远影响。其一，都城庇地成为商朝最稳定、最繁荣的都城，在祖辛及后续君主统治时期，庇地始终是商朝的统治中心，为商朝的延续提供了坚实的基础；其二，“迁都避患、优化统治中心”的策略，成为后世商朝君主应对危机的重要借鉴，也为早期都城规划与地理选择积累了经验；其三，“任贤辅政、唯才是举”的治国理念，打破了贵族对权力的垄断，为商朝培养了一批实用人才，提升了政府的治理能力；其四，平定东南夷族、稳定边疆的军事成就，为商朝赢得了长期的和平发展环境，也让商朝的威望在周边部落中得以保持。
尽管祖乙的统治因历史久远，部分细节已难以考证，但他“三迁都城以避水患”“平定夷族以安边疆”“任贤辅政以兴国家”的功绩，却被清晰地记载于《史记》《竹书纪年》等史料与甲骨文卜辞中，成为商朝历史上不可磨灭的一笔。他的“中兴”不仅扭转了商朝“九世之乱”的颓势，还让商朝的统治得以延续近200年，为后续武丁盛世的到来奠定了基础。
从历史地位来看，祖乙是商朝中期最重要的君主之一，他的统治是商朝从“中衰”走向“中兴”的转折点，也是早期华夏王朝“应对危机、重塑秩序”的典型案例。