最为主流的一种推论是权力自保，弑父以自救。
朱成功治军极严，治家更甚。
当得知年仅十九岁的长子郑经，在厦门与幼弟的乳母陈氏私通并产下一子时，他感觉受到了极大的羞辱与背叛。
盛怒之下，他下令处死郑经、董夫人以及刚出生的孙子郑克臧。
这道命令，直接威胁到了郑经的继承权与生命。对于郑经及其支持者而言，只有朱成功死，郑经才能活，才能顺理成章继承延平郡王的爵位和庞大的郑氏集团。
而史实也证明了这一点，朱成功死后，郑经迅速从厦门赶往台湾，击败了拥立其弟郑世袭的黄昭、萧拱宸等人，平定了台湾内乱，顺利继位。
他是朱成功之死的最大受益者。
其二，是清廷的长期招降与暗杀策略。
清廷曾多次尝试招降朱成功，均被严词拒绝。
暗杀，便成为另一种选择。
有传闻说清廷曾试图收买朱成功身边的厨师，在食物中投放孔雀胆，但未能成功。
朱成功死后，清廷迅速展开招抚攻势，郑氏集团内部大批将领叛变投清。
其三，是郑氏集团内部的权力斗争。
朱成功收复台湾后，推行激进政策，意图以台湾为基地继续抗清，甚至计划远征菲律宾。
部分将领，尤其是大陆籍将领，不愿离乡背井，对其严苛的军纪和激进的政策日益不满。
保守势力希望与清廷议和，或维持割据现状，而非继续“反清复明”的冒险。
朱成功若死，他们便有机会与清廷议和，换取身家性命的保全。
然而，无论哪种推论，都缺乏一锤定音的直接证据。
朱成功之死，至今仍是一桩历史悬案。
但有一点是确定的。
无论是病死，还是毒杀，朱成功之死，都是“反清复明”事业最沉重的打击。
因为朱成功1662年病逝后，台湾郑氏政权迅速衰落。
其子郑经平定内乱后，改台湾为“东宁”，推行文治，一度借“三藩之乱”反攻大陆，但终告失败。
1681年郑经去世，权臣冯锡范发动政变，绞杀本应继位的郑克臧，改立年仅十二岁的郑克塽，导致内部分崩离析。
此时清朝已平定三藩，康熙帝决心统一台湾。
1683年，清将施琅在澎湖海战中歼灭郑军主力，郑克塽投降。
郑氏宗族与部众内迁大陆，存在仅二十余年的明郑政权就此终结，台湾正式纳入清朝版
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