同时命令陕西、甘肃、宁夏等布政使司和都司要保障李成梁部的军需，拜李成梁为征西大将军兼安西都护府副都护，朱载坖再给李成梁的密旨当中要求李成梁要主动抓住机会，自行决定战守之策，事后向朱载坖奏报即可，同时对于蒙古诸部要加以笼络，该招抚的也要予以招抚，真正要防范的是色目人，对于所谓的色目人、维吾尔人，敢有反抗的，要予以严厉镇压，绝不手软。
同时朱载坖在给吴兑的上谕中明确要求吴兑，复汉唐往昔之土，振国威于西极，要将西域的很多地名改为当年汉唐时的地名，以宣示大明对于西域的主权。
除了此事之外，对于大明现在的各项改革措施，朱载坖也是极为重视的，最重要的自然是税务总署的改革和工商赋税的征收了，朱载坖原本打算认为沈季文为提督税务总署，但是他的品级和资历实在是太低了，在首辅张四维的推荐之下，朱载坖升南京户部左侍郎赵世卿为户部尚书提督税务总署，沈季文升户部右侍郎协理税务总署，将朝廷的赋税征收予以正规化。
朱载坖对于此事还是十分重视的，毕竟关系到朝廷的赋税，朱载坖不仅亲自召见赵世卿、沈季文，面授机宜，要他们执行上意，同时要地方府县各自编列自己的预算，送户部审核之后予以施行，朱载坖特别指令户部尚书梁梦龙和总督仓场杨俊民，要严格审核地方的预算，尤其是这些赋税多的州府，不得浪费朝廷的国帑，尤其是苏松、广州、杭州等府县的预算，要严格予以控制，保证朝廷的赋税征收。
对于对于赋税少，相对贫瘠的地方，朝廷也要适当增加预算，支持他们的基础设施建设，尤其是直道的建设。之前工部尚书潘季驯和提督交通总署葛镜向朱载坖上疏，呈报了对于大明水利和交通的有关计划，葛镜这次提出了一个大胆的方案，要在南京八卦洲上修建一座桥梁，同时要加强大明的直道建设。
对于在长江上修筑桥梁，葛镜也不但保证能够成功，但是他认为可以试试，此举遭到了一些官员的反对，因为这试一试就要朝廷百多万的国帑，这么试试的话，朝廷怎么吃得消，这不是拿国帑开玩笑吗？一些御史直接弹劾葛镜浪费国帑，但是朱载坖还是选择支持了葛镜的想法，不试一试，怎么知道现在大明的技术水平到底如何呢？朱载坖同意的葛镜的看法，同时调动
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