翰林院散馆之后，不仅仅要留在翰林院中工作，还要轮流到科道、地方、六部任职，积累经验，对于考绩不合格的，要予以黜退，对于翰林官，要严加要求，吏部随时向朱载坖奏明翰林官的情况。
朱载坖要求今年就开始组织第一次的翰林考选，在南北两京翰林院同时举行考选。
而正当朱载坖在处理这些事情的时候，贵州急报，杨应龙作乱，这其实早就在朱载坖和重臣们的意料之中了，但是当朱载坖详细看完了巡抚贵州都御史邢阶的奏疏的时候，还是不由得动怒了，这次最终将杨应龙逼反的，居然是刘綎，他担任贵州镇副总兵，统帅从缅甸、云南、四川等出抽调来的六千援军。
刘綎手下有很多其父刘显的老部将，都是能征惯战之人，因此刘綎自认为很强大，但是他驾驭不对不得法，放纵手下的士卒劫掠，军纪败坏，使得贵州土司对于刘綎很愤怒了，因此杨应龙才认为官军不足为敌，敢于提前作乱，同时朝廷加强在贵州的军事存在也使得杨应龙感受到了威胁，故而在多方的作用之下，杨应龙决定提前作乱。
由于刘綎在贵州搞得土司对官军极为厌恶，不少土司选择跟随杨应龙作乱，而刘綎又骄矜自满，认为自己麾下都是精锐，同时对于张元勋，他也不放在眼中，认为总兵张元勋胆怯，独自率军迎战杨应龙，轻兵冒进，招致大败，所部六千精锐，只剩两千余人逃归，使得杨应龙现在士气大振，邢阶和张元勋只得率兵守卫各州县，战局对官军现在是十分的不利。
朱载坖看完奏疏之后，勃然大怒，虽然刘綎的失败造成的损失并不大，但是对于整个贵州的官军士气大计是非常之沉重的，从朱载坖开始用兵以来，大明还没有遭受过这么惨重的失败，而且是本来可以避免的失败，这使得朱载坖对于刘綎极为不满。
当即召集阁部重臣商量此事，朱载坖问道：“杨应龙作乱，刘綎战败，卿等以为应该如何处置啊？”
张居正认为应该征调西南官军，从速剿灭杨应龙，同时对于刘綎，张居正认为他还是有一定的军事能力的，只不过小受挫折，朝廷应该准允其戴罪立功。
朱载坖不认同张居正的观点，朱载坖认为刘綎战败，必须严惩，朝廷军法如山，岂可儿戏？刘綎骄矜自大，招致大败，数千官军战殁，同时间接壮大了杨应龙的实力，而且桀骜不驯，不听巡抚邢
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