朱载坖一方面命令吏部和相关的部院衙门清理核实大明现在所有的文官和职务，同时和内阁，还有部院堂官还有地方督抚商量，朱载坖要厘清大明的中央和地方官制，各衙门，还有省道府州县的各级官员，内设机构也都要予以编定，既要保证朝廷对于地方的严格控制，又要控制官员的数量，厘清各部门的权责。
首先当然是大明的一县之地，作为朝廷最基层的衙门，县是很重要的，州县官员都是亲民官，其职能涵盖地方行政、司法及教化，通过分田里、令贡赋等方式行使治理权。州县官需体恤民隐、亲自处理实务，建立官民间的拟制血亲关系与情感联结。亲民官的施政行为直接影响民生，如革除弊政、调整税赋，成为朝廷政策的实际执行者。
历朝历代对于这些州县亲民官都是极为重视的，朱载坖也同样重视这些州县官员，以大明之前的一县之地来说，设知县一员，掌管全县政令；县丞一员，掌管粮司、征税；主簿一员，掌管户籍、巡捕；典史一员，掌管缉盗、盘诘、监察、狱囚；税课大使一员，掌管商税；教谕、训导一员，掌管教育、选举；驿丞一员，掌管邮递；另有阴阳训术、医学训科、僧会司、道会司、急递铺等职能部门，各执其事。
后来朱载坖又增加了县尉一员，专司刑狱，将主簿的刑狱、安定地方的权力交给了县尉，由县尉负责地方的兵防、刑狱之事，但是这个县衙的配置也并不是一定，朱载坖和内阁、吏部等相关衙门还有地方督抚也要一道商量，对于一些地位重要，赋税众多，还有处于交通要道的县，要根据实际情况配置官员。
如东南等赋税、诉讼繁杂的州县，要设置专员来管理这些事情，要根据实际情况，配置管粮主簿，专门负责赋税的征收，协助县令、县丞征收赋税，保证朝廷的赋税地方的诉讼能够得到有效的处理，同时为了加强对于地方的控制，还要将乡里的事务直接交由主簿等佐贰官处理，增加典史，直接管理乡一级的政务，将朝廷的行政机构直接下放到乡里，加强朝廷对于地方的控制，结束皇权不下县的传统，剥夺这些地方士绅们干预县政的权力。
除了官之外，对于县衙来说，还有数量庞大的吏员和书算、杂役等人员，吏员是由朝廷任用、在吏部注册、地位低于官的公职人员，大致相当于现在的公务员。
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